Dopo molti anni di buone e cattive intenzioni sono appena nate in Sardegna quattro aree marine protette: il Parco Nazionale dell'Asinara, il Parco Nazionale de La Maddalena,

 l'Area Naturale Marina Protetta del Sinis e di Mai di Ventre e l'Area Naturale Marina Protetta di Tavolara e Punta Coda Cavallo. L'Asinara, un tempo quasi irraggiungibile per la presenza del carcere, alla fine del 1997 è stata completamente abbandonata dalla Amministrazione Carceraria, mentre le strutture del parco non esistono ancora. Non si sa ancora che tipo di fruizione sarà consentita. Il Parco Nazionale de La Maddalena comprende tutte le isole del territorio comunale (fino si piccolo arcipelago di Mortorio) ed ha un organismo di gestione ancora provvisorio. Il decreto istitutivo del Parco suddivide la vastissima area di mare in zone libere, zone sottoposte a fruizione controllata (zone Mb) e zone interdette (zone Ma). I residenti nel comune godono di minori vincoli rispetto ai non residenti. Le zone di mare interdette sono quelle tra Razzoli e S. Maria, attorno all'isola Piana, a sud di Caprera e quelle attorno alle isole delle Bisce, de Li Nibani e tutto l'arcipelago di Mortorio. L'Area Naturale Marina Protetta di Tavolara e Punta Coda Cavallo comprende le isole di Tavolara, Molara, Molarotto . E' in fase di avvio l'Ente di Gestione: il decreto istitutivo prevede tre livelli di zonazione: zone C libere, zone B a fruizione controllata e zone A riservate a strutture autorizzate. Le zone A sono a Molarotto e nel lato est di Tavolara attorno a Punta Papa. Per l'Area Naturale Marina Protetta della Penisola del Siniscola Mal di Ventre lo stato di avanzamento della costituzione del parco è allo stesso livello di Tavolara e prevede una divisione in zone secondo criteri similari. In particolare sono interdetti Capo S.Marco, lo Scoglio dei Catalano, il lato di nordovest di Mal di Ventre, il litorale di Torre Seu e Capo Sturaggia. 

Le formazioni calcaree che occupano un decimo della superficie dell'isola sono attraversate da numerosi fenomeni carsici: grotte, doline, voragini con laghetti sotterranei e sorgenti carsiche poderose, come quella di Su Gologone ad Oliena.

    Le grotte più note e sfruttate dal turismo sono quelle litoranee del Bue Marino presso Cala Gonone e di Nettuno ad Alghero, nel cui interno si trova uno dei maggiori Laghi sotterranei d'Europa. Altre grotte interessanti sono quelle di S. Giovanni di Domusnovas, di Is Zuddas a Santadi, Su Mannau a Fluminimaggiore, Su Marmuri ad Ulassai e la voragine di Ispinigoli presso Dorgali.

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